Akcja serialu rozpoczyna się od ataku demona zwanego Dziewięcioogoniastym Demonicznym Lisem, który - posiadając dużą moc - mógł zniszczyć wszystko co było w okolicy.
W walce z potworem wzięło udział wielu ninja, ale tylko jeden pokonał monstrum. Był nim "Czwarty Hokage".
Głównym bohaterem jest Uzumaki Naruto, chłopiec, na którego została nałożona pieczęć, wiążąca z nim pokonanego demona. Marzeniem bohatera jest zostać ninja, a dokładnie osiągnąć najwyższy stopień wojownika - Hokage. Razem ze swoimi przyjaciółmi piękną Sakurą i rywalem Sasuke, musi przejść wiele przeszkód i walk z silnymi wojownikami, aby zrealizować swoje marzenia.

Przygody Naruto rozpoczynają się w momencie, kiedy Lisi demon zostaje pokonany i zapieczętowany w ciele nowo narodzonego chłopca przez Czwartego Hokage (Yondaime).
Przez tą pieczęć Kyuubi mieszka w ciele chłopca. Dzięki jego mocy Naruto może korzystać z nieskończonych pokładów Chakry Kyuubiego. Kyuubi powoduje, że rany odniesione przez Naruto podczas walk szybko się goją. Chłopak dorastał bez rodziców. Jego opiekunem był mistrz Iruka. W przyszłości chciałby zostać Hokage. Po ukończeniu szkoły ninja otrzymuje tytuł genina. Trafia do grupy 3-osobowej w któjej skład wchodzą: Sakura Haruno i Sasuke Uchiha. Napotykają wielu wrogów, przeszkody ale zgrana drużyna nie ma zamiaru się poddawać.

Wiele lat temu, wioskę Ukrytego Liścia zaatakował Kyuubi - "dziewięcioogoniasty lis" o niezwykłej mocy. Wszyscy ninja byli bezsilni wobec demona. Przywódca wioski, "Czwarty Hokage", nie widząc innego rozwiązania, ukrył potwora w ciele nowo narodzonego dziecka o imieniu Naruto. Marzeniem dorastającego Naruto jest zostać najwspanialszym wodzem osady Ukrytego Liścia, jednak czeka go wyboista droga do osiągnięcia tego zamierzania.