W 1999 roku został wybrany na stanowisko gubernatora Tokio. 9 kwietnia 2007 roku wybrano go na trzecią kadencję.
W latach 1967 - 1968 pracował jako korespondent wojenny gazety ''Yomiuri Shimbun'' w Wietnamie.
W latach sześćdziesiątych Ishihara zdobył Biegun Północny i przemierzył Amerykę Północną na motocyklu.
Wielokrotnie był oskarżany o rasizm i ksenofobię, zwłaszcza w wypowiedziach dotyczących Koreańczyków. Obraził również kobiety, mówiąc, że "starsze kobiety, które żyją po utraceniu swych funkcji reprodukcyjnych, są bezużyteczne i popełniają grzech".