Zmarł w Paryżu (Francja) na gruźlicę. Został pochowany na tamtejszym cmentarzu Bagneux.
Jako hołd dla przedwcześnie zmarłego reżysera w 1951 roku ustanowiono nagrodę Prix Jean Vigo przyznawaną młodym francuskim reżyserom za innowacyjność, odwagę i niezależność przy tworzeniu swoich dzieł. Nagroda została ustanowiona przez Francuskiego pisarza Claude'a Aveline.