Według pierwotnego konceptu głównym bohaterem serii "X" miał być robot Zero. Jednak twórca gry, Keiji Inafune, obawiał się, że gracze mogą nie zaakceptować tej postaci, która tak bardzo różniła się od Mega Mana. Stąd też protagonistą nowego cyklu został robot Mega Man X, a Zero występuje tu w roli współpracownika. Dopiero w 2002 roku, wraz z premierą "Mega Man Zero" na Game Boya Advance, czerwony robot o bujnej blond czuprynie doczekał się statusu głównego bohatera gry.