Serial opowiada o wydarzeniach mających miejsce podczas Wojen Klonów, które ogarniają większość planet galaktyki. Oddziały Rycerzy Jedi, wspomagane przez potężną armię Klonów, stawiają czoła droidom pod wodzą Hrabiego Dooku. W trakcie jednej z kosmicznych bitew, Anakin Skywalker natrafia na przeciwnika będącego Mrocznym Jedi. Udaje się za nim w pogoń. Nie wie jednak, że to starcie ma na celu wzbudzenie w nim gniewu i zbliżenie go do ścieżki Ciemnej Strony Mocy.