Rolę Colina Cravena odrzucił Elijah Wood.
Kiedy Mary opuszcza dom, aby pobawić się w ogrodzie, jej włosy są rozpuszczone. Jednak kilka ujęć później widzimy ją badającą podstawy domu - jej włosy splecione są w warkocza.
Zdjęcia do filmu realizowano w Luton, Iver Heath, Allerton, w okolicach wsi Conistone, Eton, Londynie, Fountains Hall, oraz Ripon (Anglia, Wielka Brytania).
Korytarz prowadzący do pokoju Colina, jak również samo wnętrze jego pokoju są ozdobione gobelinami z wizerunkami Edwarda VI - chorowitego króla, który zmarł w wieku lat szesnastu.
Tekst "zaklęcia", które recytują dzieci, jest łańcuchem bezsensownych słów, wymyślonym przez 12-letniego siostrzeńca Agnieszki Holland. Uprzednio próby napisania tekstu podjęło się kilku prestiżowych, hollywoodzkich pisarzy piosenek, lecz ich propozycje zostały odrzucone. Scena "czarów" nie występuje w książce.
Większa część filmu została nakręcona podczas wakacji, dzięki czemu trójka młodych aktorów nie miała konfliktów ze szkołą. W pierwszej kolejności nakręcono sceny letnie, jesienne dopiero później, chociaż w filmie pojawiają się one w odwrotnej kolejności. Było to związane z faktem, że łatwiej jest zrywać liście z drzew, niż je z powrotem przyczepiać.
Filmowcy poszukiwali istniejącego ogrodu, który można by było wykorzystać na potrzeby filmu. Jedną z faworyzowanych lokalizacji było Fountains Abbey w Yorkshire, lecz nie uzyskano pozwolenia na kręcenie. Ostatecznie ogród został stworzony na potrzeby filmu w Pinewood Studios.
Kate Maberly, grająca główną rolę, miała w tamtym czasie krótkie włosy, w filmie zaś nosiła perukę.
Z powodu zakazu łapania rudzików, w dalekich ujęciach korzystano z wróbli. Pozostałe ujęcia (zbliżenia) wykonali fotografowie dzikiej przyrody, za model mając wolnego rudzika, któremu przymilali się robakami, czekając na odpowiednie spojrzenie lub pozę.
Zdjęcia do filmu kręcono od 28 listopada 1992 do 31 maja 1993 roku.
W powieści "Tajemniczy ogród" Frances Hodgson Burnett to ojciec Mary był spokrewniony z matką Colina. W filmie tymczasem matki dziewczynki i chłopca były siostrami-bliźniaczkami.