Czwórka Shinobi z Konohy (Kapitan Yamato, Uzumaki Naruto, Haruno Sakura i Sai) zostali przydzieleni do misji zatrzymania Missing-nina o imieniu Mukade. Drużyna kieruje się do ruin Rōranu gdzie rzekomo znajduje się cel. Po dotarciu na miejsce ninja znajdują zbiega. Mukade wyjawia, że jego celem jest powrót do przeszłości. Mężczyzna uruchamia portal czasowy i cofa się w czasie. Światło przypadkiem pochłania też Naruto i Yamato. Shinobi przenoszą się do czasów, które dzieją się 20 lat przed rozpoczęciem serii. Gdy Uzumaki się budzi, spotyka królową Rōranu - Sāre, a także swojego ojca - Namikaze Minato.