Połowa XVIII wieku, pogranicze Paragwaju, Argentyny i Brazylii, między koloniami hiszpańskimi i portugalskimi. Brutalny łowca niewolników, Rodrigo Mendoza, zabija w pojedynku własnego brata, który odebrał mu miłość narzeczonej. W więzieniu odwiedza go ojciec Gabriel, jezuita prowadzący misję wśród Indian Guarani powyżej wodospadów Iguacu. Pod jego wpływem Mendoza pragnie odpokutować swe grzechy i przyłącza się do jezuitów. Ich misja jest częścią teokratycznego państewka, prowadzonej przez zakon "republiki Guaranów", opartej na samowystarczalnych osadach wspólnotowych, łączących ewangelizację z rozwojem rolnictwa, jezuickie metody szkolne z zachowaniem indiańskiej tradycji i odrębności kulturowej, chroniących Indian przed kolonialnym wyzyskiem. Gdy na mocy traktatu o zamianie terytoriów z 1750 r. ziemie dotąd hiszpańskiej części Paragwaju mają przejść pod panowanie Portugalii i brazylijskich plantatorów, jezuici odmawiają porzucenia swych komun. Na terenach objętych buntem zjawia się wówczas kardynał Altamirano z zadaniem zaznajomienia się z charakterem osad i powzięcia decyzji o ich losie. Watykan jest jednak gotów poświęcić misje, by uratować zakon jezuitów, przeciw któremu kieruje się gniew monarchów. W 1754 r. siły hiszpańsko-portugalskie przystępują wreszcie do wykonania postanowień traktatu. Indianie Guarani przystępują do rozpaczliwej walki, a Mendoza znów musi chwycić za szpadę...
Temat tak zwanych redukcji jezuickich w Paragwaju podjął w 1943 r. austriacki pisarz Fritz Hochwaelder w dramacie "Święty eksperyment". Pod koniec lat siedemdziesiątych zainteresował się nim producent David Puttnam. Reżyserię filmu powierzono twórcy "Pól śmierci" (1984) Rolandowi Joffé, zdjęcia nakręcono w okolicy wodospadów Iguacu w Argentynie i w dżunglii kolumbijskiej z udziałem żyjącego dotąd w izolacji od świata plemienia Waunana. Powstał film piękny i wybitny, urzekający naturalnymi krajobrazami oraz wspaniałą muzyką Ennio Morricone – jedną z najwspanialszych kompozycji w historii kina.
"Misja" to film o tragizmie Historii, która niweczy ideały. To również obraz o dwóch obliczach europejskiej cywilizacji – tym uduchowionym, które potrafiło wzbudzić szacunek i podziw u innych ludów, i tym niszczycielskim, które pozwoliło podbić pół świata, ale nie uczyniło go bynajmniej szczęśliwszym. Reżyser mocno uwydatnił konflikt dobra i zła, miłości i nienawiści. Starał się podkreślić znaczenie Conradowskich wyborów moralnych w ludzkim życiu. "»Misja« – mówił – odzwierciedla dwie tendencje charakterystyczne dla lat osiemdziesiątych: poszukiwanie równowagi między życiem ekonomicznym, politycznym, moralnym i duchowym oraz ponowne odkrycie osobowości ludzkiej, niezdeterminowanej ideologią. Gdy Altamirano decyduje się poświęcić misję, angażuje się osobiście, nie jest instrumentem sił historii. I gdy jezuici odmawiają, w grę wchodzi ich własna świadomość. Widzą niesprawiedliwość ekonomiczną i poświęcają się obronie uciśnionych". Wszyscy w tej opowieści ponoszą klęskę. W zgiełku złowieszczej Historii przetrwały tylko szczątki pięknej utopii. Dlatego, choć w "Misji" dominuje krzyż Gabriela i szpada Mendozy, ocalałe z pogromu indiańskie dzieci zabiorą ze sobą, odchodząc do odwiecznej dżungli, jednak co innego – skrzypce.